Специальных анализов для определения микрофлоры в семенном пузырьке нет, конечно. Сдавайте на бакпосев лучше эякулят, на ПЦР тоже можно сдать эякулят, или мазок из уретры сразу после семяизвержения. Уретроскопия - достаточно инвазивный метод и применять его , чтобы узнать то, что и так известно, мож